En 1886 se firma el tratafo de limite Chile y    Bolivia  poniendo término a una cuestión limítrofe pendiente entre Bolivia y Chile, planteada desde la fundación de Bolivia en 1825 cuando se independiza de España y se separa del peru. En este tratado se fijaban por primera vez los límites y se establecían los derechos de exportación correspondientes a cada país. Las dificultades encontradas para implementar la administración del tratado llevaron en 1873 a su modificación, buscando una solución pacífica entre ambas naciones.

En 1878, el congreso de Bolivia se abocó al estudio del acuerdo celebrado por el gobierno en 1873. Para Bolivia, el contrato firmado en 1873 con la Compañía de Salitres de Antofagasta aún no estaba vigente porque los contratos sobre recursos  naturales debían aprobarse por el congreso de acuerdo con la constitucion boliviana. Ello se hizo por la asamblea nacional constituyen boliviana mediante una ley, el 14 de febrero de 1878, a condición de que se pagara un impuesto de 10 centavos por quintal de salitre exportado por la compañía.

Artículo Único. Se aprueba la transacción celebrada por el ejecutivo en 27 de noviembre de 1873 con el apoderado de la Compañía Anónima de Salitres y Ferrocarril de Antofagasta a condición de hacer efectivo, como mínimo, un impuesto de diez centavos en quintal de salitre exportado.

Asamblea Nacional Constituyente de Bolivia. Ley de 14 de febrero de 1878³

En lo que respecta a Chile, el cobro del impuesto de 10 centavos sobre quintal exportado violaba el artículo IV del tratando de limites  de 1874. Por ello, dicho impuesto encontró una gran resistencia por parte de los propietarios de la empresa afectada y una cerrada defensa de su causa por parte del gobierno de Santiago, desencadenándose un conflicto diplomático.

A lo largo de los meses subsiguientes, el gobierno boliviano se abstuvo de implementar la ley mientras se discutían las objeciones presentadas por el gobierno chileno. El 8 de nobiembre el canciller Alejandro Fierro envió una nota al canciller Martín Lanza indicando que el Tratado de 1874 podría declararse nulo si se insistía en cobrar el impuesto, renaciendo los derechos de Chile anteriores a 1866. El 17 de nobiembre el gobierno de La Paz ordenó al prefecto del departamento de Cobija que aplicara la ley del impuesto para iniciar las obras de reconstrucción de Antofagasta. Aunque ambas partes propusieron la resolución del conflicto por vía de un arbitraje, tal como lo contemplaba el Protocolo de 1875 este no llegó a realizarse ya que mientras el gobierno de Chile exigía que se suspendiera la ejecución de dicha ley hasta que su legalidad fuese determinada por un árbitro, el gobierno de Bolivia exigía que el blindado Blanco Encalada y sus fuerzas navales se retiraran de la bahía de Antofagasta. El 6 de febrero, ante las protestas por parte de la Compañía de Salitres por la ley del impuesto y dado que el contrato no había cumplido con los trámites para declararlo, el gobierno de Bolivia rescindió el contrato con la Compañía de Salitres y Ferrocarriles de Antofagasta. El prefecto Zapata ordenó rematar sus bienes para cobrar los impuestos generados desde febrero de 1878 

En Chile, la decisión de impedir el remate se tomó la mañana del 11 de febrero cuando, en una sesión especial del gabinete chileno, se recibió un telegrama del norte, conteniendo textualmente un mensaje del ministro plenipotenciario de Bolivia "Anulación de la ley de febrero, reivindicación de las salitreras de la compañía". Este gatilló la decisión del presidente Aníbal Pinto de ordenar la ocupacion de antofagasta , que se realizó el 14 de febrero de 1879, ocupando tropas chilenas el litoral reclamado por Bolivia hasta el tratado de 1866^{n 1} El 14 de febrero el día del remate, tres naves chilenas arribaron a Antofagasta, Mejillones, Cobija y Caracoles reinvindicándose estos territorios. El 16 de febrero, llegó a Lima el ministro boliviano Serapio Reyes a fin de exigirle al gobierno peruano que cumpliera con el tratado de alianza defensiva de 1873. El 27 de febrero , Hilarión Daza decretó el estado de sitio  en Bolivia. Gracias a los archivos de la Compañía de Salitres y Ferrocarriles de Antofagasta, se sabe que en Chile no existía interés en ir a la guerra por salvar a la compañía, a pesar de que muchos políticos y ministros importantes eran accionistas minoritarios de la compañía^{[cita requerida]}. Sin embargo, la decisión sería otra en el caso de que se remataran efectivamente las salitreras, lo que, según la visión del presidente de Chile anibal pinto, supondría la violación efectiva del tratado.

Batallón Nº 3 de Línea del Ejército de Chile, formados en columnas en la plaza colon de antofagasta , Bolivia en 1879.

El peru, que había suscrito el tratado de allazan defenciba  con Bolivia de carácter secreto en 1873 y al que argentina  no se adhirió finalmente,⁴ trató de persuadir al gobierno de La Paz para 

someterse a un arbitraje con la misión Quiñones,⁵ figura que se encontraba estipulada en el protocolo complementario de 1875, toda vez que se trataba de un "problema tributario" y no territorial. El gobierno peruano, para mediar en el conflicto, envió a su ministro plenipotenciario José Antonio de Lavalle a Chile; la